Air asam dari danau kawah Ijen merembes sejauh 375 m dibawah permukaan danau merupakan sumber utama dari Aliran Asam Kalipait, dimana aliran tersebut merupakan sebuah sungai asam yang berada dari sisi barat gunung berapi. Nilai pH Aliran Asam kalipahit meningkat setelah adanya pencampuran dengan perairan yang memiliki pH netral, yaitu Kalisat dan Kali Sengon. Kandungan anion dan kation pada danau Kawah dikendalikan oleh hidrotermal-vulkanik dan pembubaran batuan vulkanik. Aktivitas termal permukaan terdiri dari fumarol kawah (169°C – 450°C) yang terletak di sisi tenggara pada bagian dalam kawah.